یکی از موارد مهمی که در مبایعه نامه به آن پرداخته می‌شود مبحث ضرر و زیان است. در معاملات بیع خریدار و فروشنده هر کدام تعهداتی دارند که باید به آن عمل کنند. در صورتی که یک طرف نخواهد به تعهد خود عمل کند قطعا طرف مقابل دچار مشکل می‌گردد. به همین خاطر در هنگام تنظیم مبایعه نامه دو طرف در این باره با هم توافق می‌نمایند. خریدار و فروشنده می‌توانند یک بخش از مبایعه نامه را به این موضوع اختصاص دهند و شرط کنند چه مواردی مصداق ضرر و زیان است و برای آن چه میزان خسارتی باید پرداخت شود. البته در این مورد نباید از چارچوب قانون فراتر رفت.
نکته مهم این است که ضرر و زیان تابع توافق بین طرفین است. یعنی دو طرفی که مبایعه نامه را تنظیم می‌کنند می‌توانند در مورد اینکه چگونه ضرر و زیان جبران شود با هم توافق کنند. به طور مثال آقای الف زمین خود را به آقای ب می‌فروشد. در مبایعه نامه می‌نویسند در صورتی که آقای ب نصف پول را تا تاریخ……….. به فروشنده ندهد، این حق برای آقای الف وجود دارد که معامله را فسخ کند و موظف است که مبلغ یک میلیون تومان به عنوان خسارت پرداخت کند.
