مرجع تشخیص اراضی زراعی و باغها، وزارت جهاد کشاورزی است و مراجع قضایی و اداری، نظر سازمان جهاد کشاورزی ذی‌ربط را در این زمینه استعلام می‌نمایند و مراجع اداری موظف به رعایت نظر سازمان مورد اشاره خواهندبود. نظر سازمان جهاد کشاورزی استان برای مراجع قضایی به منزله نظر کارشناس رسمی دادگستری تلقی می‌شود. در همین راستا ادارات ثبت اسنادو املاک و دفاتر اسناد رسمی و سایر هیأتها و مراجع مربوط مکلفند در موارد تفکیک، افراز و تقسیم اراضی زراعی و باغها و تغییر کاربری آنها در خارج از محدوده قانونی شهرها و شهرکها از سازمانهای جهاد کشاورزی وزارت جهاد کشاورزی استعلام نموده و نظر وزارت مذکور را اعمال نمایند.