به رغم جایگاه اصل برائت در امور کیفری و حاکم بودن آن بر اصول و قواعد حقوق جزا، در موارد خاصی از اعمال این اصل عدول شده است. عدول از اصل برائت به این معنی است که اصل بر مجرم بودن فرد بوده و این متهم است که باید در اثبات بی گناهی خویش ارائه دلیل نماید و در غیر این صورت به مجازات مقرر محکوم خواهد شد.در این یادداشت به موارد عدول از اصل برائت کیفری در قوانین کیفری خواهیم پرداخت تا این نکته بدست آید که اصل برائت در قوانین کیفری برخلاف تصور عموم نه بصورت مطلق، که بصورت نسبی پذیرفته شده است و این نسبیت تا جایی پیش می رود که فلسفه اصل برائت که منادی حفظ حرمت اشخاص خصوصی، کنترل قدرت و پیش بینی راهکارهایی جهت جلوگیری از فساد و سوء استفاده از قدرت باشد را نقض می نماید.



1- پولشویی: اولین مورد تقدم اماره مجرمیت بر اصل برائت موضوع تحصیل ثروت های مشکوک است. پول شویی در بسیاری از کشورها جرم انگاری شده و برای آن مجازات های شدیدی در نظر گرفته شده است. علاوه بر جرم انگاری تطهیر پول، اماره مجرمیت بر اصل برائت مقدم شده است. بر این اساس اموال مورد نظر، توقیف شده و شخص مظنون جهت ادای توضیحات و اثبات مشروعیت منشأ این اموال به دادگاه فراخوانده می شود. در صورتی که متهم منشأ این اموال را اثبات نماید از وی رفع اتهام می شود و اموال به وی مسترد می گردد. اما اگر نتواند مشروعیت منشأ آنها را اثبات نماید علاوه بر مصادره اموال، به مجازات های تعیین شده محکوم می شود.


2-رسیدگی به جرایم در دادگاه ویژه روحانیت: دادگاه ویژه روحانیت، علاوه بر نقض بیش از اندازه قواعد عمومی، قواعد استثنایی عجیبی نیز دارد که بیشتر آنها ناقض حقوق قضایی افراد و همچنین ناقض اصل برابری افراد در مقابل قانون است. در بخشی از ماده 42 آیین نامه دادسراهها و دادگاههای ویژه روحانیت می خوانیم «... در موارد استثنایی و در مواردی که شرع و قانون، مجازات مشخصی تعیین نگردیده حاکم می تواند مستدلاً بر اساس نظر خود اقدام به صدور حکم نماید.» در این حکم قانونی، به صورت مشهود اصل برائت نادیده انگاشته شده است. چرا که دیگر شکی نداریم که شخص در فقدان جرم متهم است یا نه. چرا که در صورت فقدان دلیل اصل بر برائت است. اصل در جایگاه شک بکار می رود اما در این جا نه تنها شکی نیست بلکه اصل بر بی گناهی است.




3-برخورد دلیل گونه با گزارش های مامورین انتظامی (تبصره اصل 15 قانون آئین دادرسی کیفری): تبصره ماده 15 قانون آئین دادرسی کیفری در مقام بیان اعتبار گزارش پلیس می گوید:«گزارش ضابطین در صورتی معتبر است که موثق و مورد اعتماد قاضی باشند.» به نظر می رسد اثبات گناه و جرم دیگران تنها با گزارش مأمور پلیس، برائت وی را به خطر می اندازد. این استدلال به این معنا نیست که گزارش پلیس به هیچ وجهی فاقد ارزش اثباتی باشد بلکه منظور این است که با توجه به امکان جمع آوری دلایل مثبت جرم، صرف اتکا به گزارش پلیس می تواند در مخدوش نمودن برائت افراد جامعه موثر باشد. گزارش پلیس می تواند به عنوان یکی از قراین موجود به کار رفته و ضابطین را به کسب «دلیل قضایی» رهنمون سازد. این نظر با پیشرفت پلیس علمی منطقی تر نیز به نظر می رسد. اگر گزارش پلیس را تنها علت و دلیل مجرمیت بدانیم با توجه به فقدان تشکیلات پلیس قضایی در شرایط فعلی و نگاه به شدت مغرضانه و طرفدارانه ای که گاها در تنظیم این گزارشات وجود دارد امنیت قضایی افراد و اماره بی گناهی آنان در معرض خطر جدی قرار می گیرد.



4- ماده 449 قانون مجازات اسلامی(جرایم ضد امنیت): جرایم ضد امنیت از زمره مصادیقی است که برائت کیفری در آن غالبا قربانی امنیت اجتماعی و سیاسی گردیده است. ماده 449 قانون مجازات اسلامی اشعار دارد«هر کس در یکی از دسته ها یا جمعیت های مذکور در ماده(498) عضویت یابد به سه ماه تا پنج سال حبس محکوم می گردد مگر اینکه ثابت شود از  اهداف آن بی اطلاع بوده است.» همان طور که مشاهده می شود اصل بر این است که شخص عضو در یکی از گروهها محارب از اهداف آنها نیز مطلع می باشد در حالی که اصل برائت حکم می نماید که عدم اطلاع از اهداف این گروهها منتج گردد. بنابراین بخش آخر این ماده بر خلاف اصل برائت بوده و صریحاً آن را نقض می نماید و قانونگذار حفظ امنیت را بر برائت فردی حاکم گردانیده است.