این شورا در ۱۷ اسفند ماه سال ۱۳۹۰ بنا به دستور رهبری تشکیل شد. اختیاراتی که برای این شورا در نظر گرفته شده بود، در حد و اندازه اختیارات «شورای عالی امنیت ملی» و «شورای عالی انقلاب فرهنگی» بود.
وظیفه این مرکز این بود که «مرکز ملی فضای مجازی» را راه اندازی کند. ریاست این مرکز برعهده رئیس جمهور می باشد.
قبل از تشکیل «شورای عالی فضای مجازی» شوراهای دیگری تحت عنوان «شورای عالی انفورماتیک»، «شورای عالی اطلاع‌رسانی» و «شورای عالی فناوری اطلاعات» به عنوان شوراهای و نهادهایی بودند که در حکم سیاست گذار و مجری در این حوزه عمل می‌کرده‌اند.
در فرودین ماه سال ۱۳۹۵، در جلسه «شورای عالی فضای مجازی» که به ریاست حسن روحانی برگزار شد، «شورای عالی انفورماتیک»، «شورای عالی اطلاع‌رسانی» و «شورای عالی امنیت فضای تبادل اطلاعات (افتا)» منحل شد و کلیه وظایف این شوراها در سطح ملی به «شورای عالی فضای مجازی» واگذار گردید.
وزارت خزانه داری آمریکا، «شورای عالی فضای مجازی» را به عنوان عالی‌ترین نهاد سیاست‌گذار در مورد اینترنت معرفی کرده که بر کار حکومت ایران در زمینه ایجاد اختلال در جریان آزاد اطلاعات نظارت دارد؛ لذا در تاریخ ۲۲ دی ماه سال ۱۳۹۶ «شورای عالی فضای مجازی» را به دلیل نقض حقوق بشر از طریق اعمال سانسور و محدود کردن آزادی بیان در اینترنت مورد تحریم قرار داد.
ناگفته نماند از آنجایی که تنها نهاد قانون گذاری در کشور باید «مجلس شورای اسلامی» باشد؛ لذا «شورای عالی فضای مجازی» به عنوان وضع کننده قانون، با «مجلس شورای اسلامی» در تعارض قرار دارد.
