در تعارض استصحاب با اصل تخییر استصحاب مقدم است. (به شرحی که در بند نخست گذشت) زیرا تخییر نیز به هنگام شک بدوی اجرا می شود و در استصحاب چون حالت سابقه روشن است دیگر نوبت به تخییر نمی رسد. برای مثال هرگاه ندانیم نمازجمعه واجب است یا حرام چون دَوَران بین محذورین است جای تخییر عقلی و تکوینی است. حال اگر معلوم شود نماز جمعه قبلا واجب بوده، با تمسّک به استصحاب دیگر جایی برای تخییر باقی نمی ماند و باید حکم به وجوب نماز جمعه در حال حاضر داد.