با وجود آنکه بین مالکیت منافع و حق انتفاع شباهت زیادی وجود دارد ولی از نظر ماهوی و عملی نباید آن دو را یکسان شمرد و از جمله مهمترین تفاوت های آن می توان به موارد ذیل اشاره نمود:
۱- در مالکیت منافع ما دو مالک داریم یکی مالک عین است و دیگری مالک منفعت. اما در حق انتفاع همواره یک مالک داریم که هم مالک عین است و هم مالک منفعت است ولی این شخص مالک با شرایط و اوصافی خاص، به شخصی دیگر اجازه می دهد تا برای مدتی معلوم یا غیر معلوم از منفعت ملک او بهره مند گردد
۲- در مالکیت منافع، لحظه‌ها و ذره‌های منفعت در ملک صاحب آن به وجود می‌آید، ولی در حق انتفاع، منفعت به مالک عین تعلق دارد و در ملک او هم به وجود می‌آید و صاحب حق فقط می‌تواند از آن متنفع شود (ماده ۴۰ قانون مدنی)
برای مثال در اجاره، مستاجر در اثر عقد مالک منافع عین مستاجره می‌شود، و بر طبق قاعده می‌تواند آن را به دیگری منتقل کند. ولی در حق سکنی که یکی از اقسام حق انتفاع است، صاحب حق مالک منافع نیست تا حق تصرف در آن را داشته باشد
به بیان دیگر مالکیت منفعت ، حقی است کامل که امتیازهای مالکیت را دارد در حالی که حق انتفاع به آن حد کمال نرسیده و صاحب آن تنها از حق بهره مندی از منافع برخوردار است
فرض کنیم باغی برای مدت دوسال به اجاره داده شود. در این مدت مستاجر مالک منافع باغ است و تمام ذره‌های میوه در ملک او به وجود می‌آید پس در روزی که مدت اجاره پایان می‌پذیرد آنچه از میوه‌ها بر سر درختان باقی است به او تعلق دارد و می‌تواند پس از مدت اجاره نیز آن‌ها را بچیند
ولی اگر حق انتفاع از همین باغ به مدت دو سال به او واگذار شده باشد، چون منتفع، مالک منافع نمی‌شود، ذره‌های میوه نیز در ملک او به وجود نمی‌آید و به صاحب اصلی باغ تعلق دارد بجز اینکه او می‌تواند ظرف دوسال از آن‌ها بهره برداری کند؛ بنابراین در آخرین روز سال حق او نیز از بین می‌رود و دیگر نمی‌تواند میوه‌هایی را که هنوز بر درخت باقی مانده است را بچیند
