تعارض منافع فردی زمانی اتفاق می افتد که منافع شخصی فرد با مسئولیت های او در تعارض باشد، اما مفهوم تعارض منافع در سازمان کمی متفاوت است. تعارض منافع در سازمان زمانی رخ می دهد که انجام وظایف سازمان در تعارض با منافع آن سازمان باشد، مثلا وقتی سازمانی مأمور نظارت بر فعالیت سازمان های مشابه خود شود، ممکن است برخی از فعالیت ها مشمول جریمه ای شود که همین سازمان مسئول تعیین کردنش است. در این حالت، تعارض منافع سازمان محور اتفاق افتاده است. نمونه دیگر از تعارض منافع در سازمان یا در عالم تجارت، زمانی است که مدیر یک بخش با سازمان دیگری معامله ای انجام دهد که به نفع آن مدیر و به زیان سازمانش باشد. تعارض منافع در سازمان ممکن در زمان گردآوری اطلاعات محرمانه نیز اتفاق بیفتد. مثلا ممکن است مأمور گردآوری اطلاعات محرمانه برای یک سازمان یا شرکت، به اطلاعاتی دست پیدا کند که برای او منفعت شخصی داشته باشد.