در تعارض استصحاب با اصل برائت، استصحاب مقدم است زیرا چنان که قبلا اشاره شد برائت به هنگام شک بدوی است، یعنی زمانی که شک فاقد حالت سابقه باشد و چون در استصحاب سابقه روشن است دیگر نوبت به برائت نمیرسد. در واقع استصحاب موضوع برائت را که شک بدوی است از بین می برد و اصطلاحاً «وارد» بر برائت است.
خلاصه آنکه استصحاب بر برائت مقدم است. برای مثال هرگاه ندانیم نمازجمعه واجب است یا خیر، به حکم اصل برائت می گوییم واجب نیست، ولی هرگاه معلوم شود که نماز جمعه قبلا واجب بوده چون سابقه امر روشن می شود و مطابق اصل استصحاب هم اکنون نیز باید حکم به وجوب آن داد، دیگر نوبت به اصل برائت نمی رسد.
