در این روش با توجه به این که چک یک سند لازم‌الاجرا می‌باشد، اگر صادرکننده به تعهد خود مبنی بر پرداخت مبلغ مورد نظر عمل نکند، دارنده می‌تواند آن را به اجرا بگذارد یا به عبارتی وصول مبلغ را از مرجع قانونی درخواست کند.
در این روش ابتدا باید به بانک مراجعه کرده و گواهی عدم پرداخت را دریافت کند، سپس به اداره‌ی ثبت اسناد محل رفته و فرم اجراییه دریافت می‌کند؛ پس از تکمیل فرم آن را به همراه کپی چک برگشتی و گواهی بانک ضمیمه کرده و صدور اجراییه را تقاضا می‌کند.
در مرحله‌ی بعد حکم اجراییه به صادرکننده ابلاغ می‌شود تا در مهلتی ده روزه برای پرداخت مبلغ اقدام کند و در غیر این صورت دارنده‌ی چک باید اموال صادرکننده را برای توقیف معرفی کند، البته این اموال نباید جزو استثنائات (مستثنیات دین) باشد، مثلا محل سکونت، خودروی شخصی و اسباب ضروری زندگی را نمی‌توان توقیف کرد.
اجرا گذاشتن چک به روش ثبتی زودتر از سایر روش‌ها به نتیجه می‌رسد امّا هزینه بیشتری نیز دارد، یعنی برای صدور حکم اجراییه، دارنده باید پنج درصد از کل مبلغ چک را به اداره‌ی ثبت بپردازد. نکته‌ی دیگر اینکه باید در این روش مراقب بود که صادرکننده در مهلت ده روزه اموال غیرضروری خود را به دیگران منتقل نکند.
