زمینها و خانه‌ های خالی زیادی هستند که به ستاد اجرایی فرمان امام معرفی می شوند. این املاک ابتدا به دقت مورد بررسی و تحقیق قرار میگیرند. سپس در مورد سرنوشت آنها در دادگاه انقلاب اسلامی تصمیم گیری می شود.

در برخی شعب دادگاه انقلاب اسلامی که مختص پرونده های اصل ۴۹ قانون اساسی است ، در مورد مصادره اموال تصمیم گیری می شود. پس از آن که حکم دادگاه مبنی بر مصادره زمین یا خانه صادر گردید، حکم صادره لازم الاجراست. پس از این مرحله زمین یا خانه ، تحویل ستاد اجرایی فرمان امام می شود. در این مرحله ، ستاد به عنوان نماینده قانونی بیت‌المال تلقی می گردد.