در صورت مواجهه با تخلف و ارجاع پرونده به کمیسیون ماده 100، مالک باید با ارائه مستندات قانونی و فنی، از خود دفاع کند. تهیه نقشه‌های مهندسی دقیق، مدارک پروانه ساخت، گزارش مهندس ناظر و هرگونه مستندات مرتبط، می‌تواند در اثبات قانونی بودن ساخت‌وساز کمک کند. همچنین، استفاده از وکلای متخصص در امور ساختمانی و حقوق شهری، نقش مهمی در ارائه دفاعیه قوی دارد. حضور در جلسات کمیسیون و ارائه توضیحات شفاف و مستدل، شانس موفقیت در دفاع را افزایش می‌دهد. در نهایت، آگاهی از مراحل رسیدگی و حقوق قانونی خود، به مالک کمک می‌کند که در مواجهه با کمیسیون ماده 100 شهرداری بهترین تصمیم‌ها را اتخاذ نماید.