به لحاظ جایگاه حقوقی، دادسرا و دادگاه ویژه از حیث لزوم بقا و ادامه حیات و نیز نظارت عالیه و عزل و نصب مقامات، تحت ریاست عالیه مقام معظم رهبری است. ماده‌ی ۵۲۸ قانون آیین دادرسی مدنی مصوب سال ۱۳۷۹ چنین مقرر داشته است:
«دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت که براساس دستور ولایت، رهبر کبیر انقلاب، امام خمینی (ره) تشکیل گردیده، طبق اصول ۵ و ۵۷ قانون اساسی، تا زمانی که رهبر معظم انقلاب اسلامی، ادامه‌ی کار آن را مصلحت بدانند، به جرایم اشخاص روحانی، رسیدگی خواهد کرد و پرداخت حقوق و مزایای قضات و کارکنان آن، تابع مقررات مربوطه به قوه‌ی قضائیه است».
ماده‌ی اول آیین‌نامه‌ی مصوب ۱۳۶۹ نیز، تشکیلات دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت را تحت نظارت عالیه‌ی مقام رهبری دانسته که این نظارت خود شامل ابعاد مختلفی است. عزل و نصب مقامات دادسرا و دادگاه برعهده‌ی مقام رهبری است.
ماده‌ی ۳ آیین‌نامه‌ی مزبور مقرر می‌دارد: «دادستان ویژه‌ی روحانیت توسط مقام معظم رهبری منصوب خواهد شد. او نیز اختیار عزل و نصب دادستان‌ها و دادیاران دادسراهای ویژه‌ی شهرستان را برعهده دارد». ماده‌ی ۱۰ آیین‌نامه نیز مقرر می‌دارد: «حاکم شرع شعبه‌ی اول دادگاه ویژه‌ی روحانیت، از سوی مقام معظم رهبری منصوب می‌گردد».
و طبق ماده‌ی ۱۱ آیین‌نامه: «سایر قضات دادگاه، حسب مورد، طبق نظر مقام معظم رهبری نصب می‌گردند».
