در ایران پزشکی قانونی سازمانی است وابسته به قوه قضائیه که به منظور کارشناسی در امور پزشکی که نظریات آن برای مراجع قضائی و سایر سازمان‌های دولتی مستند باشد و بررسی و تحقیق در امور پزشکی قانونی در پیشگیری از وقوع جرم تشکیل شده‌است. سابقه پزشکی قانونی شاید به قرن های گذشته بر گردد. در قوانین حمورابی به این موضوع اشاره شده که با استفاده از پزشکان قانونی برای اجرای شناخت جرایم علیه انسان و اجرای احکام ، از این پزشکان استفاده می شده است که در کشور ما هم با شکل گیری قوانین در کشور حدود ۱۰۰ سال پیش پزشک قانونی در ادارات عدلیه و دادگستری ها با سازمان های قضایی همکاری می کردند. سازمان پزشکی قانونی به این شکل جدید بعد از تصویب مجلس در سال ۱۳۷۲ استقلال پیدا کرد و به عنوان سازمان مستقل در زیر مجموعه قوه قضاییه شروع به کار کرد.