برای شکایت از پزشک می بایست حتی الامکان خود بیمار شخصاً حضور داشته باشد و البته وکیل دادگستری از سوی ایشان نیز می تواند اعلام جرم و از پزشک متخلف شکایت نماید.
برای شکایت از پزشک می توان به:


1- شورای حل اختلاف ویژه رسیدگی به امور بهداشتی و پزشکی مراجعه نمود


در مواردی شکایت از پزشک را به شورای حل اختلاف جهت صلح و سازش ارجاع می نمایند البته در صورتی که از رفتار پزشک بیمار متضرر شده باشد می تواند تا مبلغ 20 میلیون تومان در شورا رسیدگی شود و بیش از این مبلغ در دادگاه رسیدگی می شود.
در تهران مجتمع شماره 29 شورای حل اختلاف به امور پزشکی و بهداشتی اختصاص یافته است، برای طرح دعوی علیه پزشک در تهران می توانید به خیابان کارگر شمالی خیابان شانزدهم «فرشی مقدم» پلاک 19 سازمان نظام پزشکی مراجعه نمایید.

2- دادسرای عمومی و انقلاب


برای شکایت از پزشک می توان به دادسرای عمومی و انقلاب محل وقوع جرم مراجعه نمود. البته دادسرای عمومی و انقلاب صرفاً محدود به شکایت از پزشک نمی باشد و می توان علیه سازمان ها و حرفه های مربوط به پزشکی در صورت ارتکاب جرم شکایت نمود.
علیرغم آنکه دادسرای عمومی و انقلاب محل وقوع جرم صالح به رسیدگی نسبت به جرایم پزشکی محسوب می شود لیکن در برخی از شهرها دادسراهایی به جرایم پزشکی اختصاص یافته است و فقط این مراجع نسبت به جرایم پزشکی رسیدگی می نمایند و در صورت شکایت از پزشک شما را به این دادسراها ارشاد می نمایند.

3- دادگاه کیفری یک، دادگاه کیفری دو، دادگاه انقلاب
الف-اگر شکایت نسبت به پزشک مربوط به قتل عمدی باشد پرونده به دادگاه کیفری یک ارجاع می گردد.
ب- در خصوص دیگر جرایم پزشکی پرونده به دادگاه کیفری دو ارجاع می گردد.
ج- در مواردی مطابق قانون رسیدگی به برخی از جرایم پزشکی در صلاحیت دادگاه انقلاب می باشد بدین شرح که:
1- دخالت در امور پزشکی و دارویی
2- خودداری از ارائه خدمات پزشکی
3- واگذاری و اداره موسسه پزشکی به غیر بدون مجوز

مراحل رسیدگی به شکایت از جرایم پزشکی:
در صورت شکایت از پزشک مراحل بدین شرح خواهد بود.
پس از حضور در دادسرای جرایم پزشکی و یا شکایت از پزشک در دادسرای عمومی و انقلاب با ارجاع دادستان موضوع شکایت از پزشک به یکی از شعب دادیاری و یا بازپرسی ارجاع می گردد. پس از ارجاع به شعبه شاکی یا وکیل رسمی در امور پزشکی از سوی ایشان می بایست در شعبه حاضر گردد و پس از ارائه توضیحات لازم و تقدیم مستندات دعوا، تحقیقات در صورت تکمیل موارد مورد اشاره ادامه می یابد. در این مرحله مقام تحقیق پس از اخذ توضیح دستور مقتضی صادر می نماید.
به صورت معمول اولین دستور خطاب به پزشک، بیمارستان و یا مرکز درمانی بوده که درخواست مدارکی که در آنجا اقداماتی که برای بیمار انجام شده است مطالبه می گردد. توصیه می شود جهت تسریع در رسیدگی تقاضا نمایید دستور قضایی به صورت دستی در اختیار شما قرار داده شود و خود شخصاً برای دریافت پاسخ به مرکز مربوطه مراجعه نمایید و حتی المقدور در دستور قضایی ذکر شود پاسخ به حامل نامه تحویل گردد. در مواردی از پاسخ به بیمار امتناع ورزیده می شود و مدارک توسط سازمان و یا شخص مربوطه به دادسرا ارائه می گردد.
امکان دارد در مواردی که شکایت از پزشک شده است در بدو امر موضوع به کلانتری جهت تکمیل تحقیقات ارجاع و سپس به دادسرای جرایم پزشکی ارجاع گردد.
پس از انجام تحقیقات پرونده به کمیسیون پزشکی ارسال و از طرفین دعوت می گردد، در صورت لزوم از بیمار معاینه به عمل آید و سپس کمیسیون رای خود را به دادسرا اعلام می کند و دادسرا نظر کمیسیون را به شاکی و پزشک ابلاغ می نماید و حق اعتراض ظرف یک هفته به نظر کمیسیون وجود دارد.
در صورت عدم اعتراض نظر قطعی شده و در صورت اعتراض در فرجه قانونی پرونده به کمیسیون مرکزی «کمیسیون عالی» به صورت تکمیل شده با تمام مستندات ارجاع و در آنجا نظر کارشناسی نهایی داده می شود.
رای کمیسیون ملاک تصمیم و رای خواهد بود.
چنانچه بیمار بیهوش و یا فاقد هوشیاری کامل باشد می بایست در وهله نخست برای آن قیم و یا امین موقت نصب گردد و سپس قیم از طرف بیمار وکیل رسمی دادگستری برای شکایت از پزشک انتخاب نماید.
پس از انجام تحقیقات مقدماتی در دادسرا، مقام قضایی شکایت علیه پزشک را درست و وقوع جرم پزشک را احراز نماید قرار جلب به دادرسی صادر و پرونده به همراه کیفرخواست به دادگاه ارسال می شود.
طرفین می توانند از بدو امر یعنی شاکی می تواند قبل از شکایت وکیل داشته باشد و یا حین رسیدگی در دادسرا وکیل جرایم پزشکی انتخاب نماید و یا اینکه در مرحله دادگاه وکیل جرایم پزشکی انتخاب نماید و این حق را نیز پزشک دارد که از بدو امر و یا در مرحله دادگاه وکیل متخصص امور پزشکی انتخاب نماید.
پس از صدور رای طرفین می توانند به رای صادره چنانچه از دادگاه کیفری یک  باشد در دیوان عالی کشور و چنانچه از دادگاه کیفری دو و یا دادگاه انقلاب، در دادگاه تجدیدنظر استان اعتراض نمایند.
مطابق ماده 41 قانون نظام پزشکی هیات های بدوی انتظامی نظام پزشکی موظفند نظر مشورتی، کارشناسی و تخصصی خود را نسبت به هر یک از پرونده های رسیدگی به جرایم پزشکی در اختیار دادگاه قرار دهد و مطابق تبصره یک این ماده اعلام نظر کارشناسی نباید بیش از دو ماه از تاریخ درخواست دادسرا بگذرد و مستند به تبصره دو همین ماده دادسرا و دادگاه می بایست 48 ساعت قبل از احضار یا جلب هر یک از صاحبان مشاغل پزشکی به علت رسیدگی به اتهام بزه ناشی از حرفه صاحبان مشاغل پزشکی مراتب را به اطلاع هیات بدوی انتظامی نظام پزشکی شهرستان برساند.