با توجه به شدت و ضعف اعمال ارتکابی در قانون مجازات اخلال گران در نظام اقتصادی کشور مجازات های متفاوتی در نظر گرفته شده است. این مجازات ها با توجه به عمل انجام شده میتواند، اعدام، شلاق، مجارات نقدی و حبس باشد. پیش از آن که به شرح مجازات های اخلال گران نظام اقتصادی بپردازیم، بر اساس قانون، مجازات اخلال در نظام اقتصادی کشور، به این شرح است :

حالت اول – که اگر که هر یک از اعمال مذکور در بند قبل چنانچه به قصد ضربه زدن به نظام جمهوری اسلامی ایران و یا به قصد مقابله با آن و یا با علم به ‌مؤثر بودن اقدام در مقابله با نظام باشد، چنانچه در حد افساد فی‌الارض باشد(یعنی از گستردگی و وسعت قابل توجهی برخوردار باشد) مرتکب به اعدام و در غیر این صورت به حبس از پنج سال تا بیست سال‌ محکوم می‌شود و در هر دو صورت دادگاه به عنوان جزای مالی به ضبط کلیه اموالی که از طریق ایجاد این اخلال به دست آمده باشد حکم خواهد داد.‌ دادگاه می‌تواند علاوه بر جریمه مالی و حبس، مرتکب را به ۲۰ تا ۷۴ ضربه شلاق در انظار عمومی نیز محکوم نماید.

حالت دوم – در مواردی که اخلال، عمده یا کلان یا فراوان نباشد، مرتکب حسب مورد علاوه بر رد مال به حبس از شش ماه تا سه سال و جزای نقدی معادل دو برابر اموالی که از طریق اخلال به دست آورده محکوم می‌شود.

حالت سوم – در مواردی که اخلال از طرف شخص یا اشخاص حقوقی- مانند شرکت ها – اعم از خصوصی یا دولتی یا نهادها و یا ‌تعاونی ها و غیره انجام گیرد، فرد یا افرادی که در انجام اقدامات، با علم و بصورت عمدی به گونه‌ای دخالت داشته‌اند، به مجازات مقرر در حالت اول محکوم خواهند شد و در این موارد، مدیر یا مدیران و بازرس یا ‌بازرسان و به طور کلی مسئول یا مسئولین که به گونه‌ای از انجام تمام یا قسمتی از اقدامات مزبور مطلع شوند مکلفند در زمینه جلوگیری از آن یا‌ آگاه ساختن افراد یا مقاماتی که قادر به جلوگیری از این اقدامات هستند اقدام فوری و مؤثری انجام دهند و کسانی که از انجام تکلیف ‌خودداری کرده یا با سکوت خود به تحقق جرم کمک کنند خود مجرم محسوب میشوند.