جرم اختلاس نیز مانند هر جرمی مجازاتی را در پی دارد که از جمله آنها می توان به موارد زیر اشاره کرد:

  • در صورتی که میزان اختلاس تا پنجاه هزار ریال باشد، مجازات مرتکب جرم شش ماه تا سه سال حبس و شش ماه تا سه سال انفصال موقت خواهد بود
  • در صورتی که میزان اختلاس بیش از پنجاه هزار ریال باشد مجازات کارمند دو تا ده سال حبس و انفصال دائم از خدمات دولتی خواهد بود
  • در هر مورد مرتکب علاوه بر رد وجه یا مال مورد اختلاس، به جزای نقدی معادل دو برابر آن محکوم خواهد شد.
  • چنانچه مرتکب در مرتبه مدیر کل یا بالاتر یا هم طراز آنها باشد، به انفصال دائم از خدمات دولتی و در صورتی که در مراتب پایین تر باشد، همانگونه که اشاره شد؛ به شش ماه تا سه سال انفصال موقت از خدمات دولتی محکوم خواهد شد.
  • چنانچه جرم ارتکابی کارمند مختلس توأم با جعل و تزویر باشد و میزان اختلاس نیز تا پنجاه هزار ریال باشد، کیفر مختلس به دو تا پنج سال حبس و یک تا پنج سال انفصال موقت از خدمات دولتی تشدید خواهد شد.
  • هرگاه مبلغ اختلاس زاید بر پنجاه هزار ریال باشد، مجازات اختلاس توأم با جعل و تزویر حبس از هفت تا ده سال و انفصال دائم از خدمات دولتی است و در هر مورد علاوه بر رد وجه یا مال مورد اختلاس، مختلس به جزای نقدی معادل دو برابر آن محکوم می شود. ضمناً حد نصاب مبالغ مذکور در جرم اختلاس اعم است از اینکه جرم دفعتاً واحده و یا به دفعات واقع شده باشد و جمع مبلغ و میزان اختلاس تا پنجاه هزار ریال تا بیش از آن باشد.
  • مجازات کارمندی که اموال دولتی یا متعلق به اشخاصی را که بر حسب وظیفه به او سپرده شده است، عمداً کلاً یا جزئاً تلف کند یا از بین ببرد، اقدام او مستوجب کیفر اختلاس بر حسب مورد و میزان آن مال خواهد بود.

به علاوه، باید دانست قانونگذار برای مواردی که میزان اختلاس زاید بر یکصد هزار ریال باشد، صدور قرار بازداشت موقّت مرتکب را به مدت یک ماه پیش بینی کرده است که به موجب آن مرجع رسیدگی ملزم به صدور چنین قراری است. این قرار نیز در هیچ یک از مراحل رسیدگی قابل تبدیل نخواهد بود. وزیر دستگاه مربوطه هم می تواند پس از پایان مدت بازداشت موقت، کارمند را تا پایان رسیدگی و تعیین تکلیف نهایی از خدمت معلق کند و به ایام تعلیق مذکور در هیچ حالت، هیچ گونه حقوق و مزایایی تعلق نخواهد گرفت.

لازم به ذکر است جرم اختلاس از جرایمی می شود که دارای حیثیت عمومی بوده و غیرقابل گذشت است. بنابراین، با گذشت متضرر از جرم، تعقیب و اعمال مجازات درباره مختلس موقوف نخواهد شد.