تفاوت کلاهبرداری و خیانت در امانت کاملا مشخص است. با بررسی عناصر قانونی، مادی و معنوی می توان به تفاوت این دو جرم پی برد. با این وجود می توان گفت که اولین تفاوت کلاهبرداری و خیانت در امانت، این است که کلاهبردار با انجام اعمالی اعتماد مالباخته را جلب کرده است اما در جرم خیانت در امانت از همان ابتدا مال با رضایت به امین سپرده شده است و استنکاف امین از استرداد مال، شالوده جرم را تشکیل خواهد داد. در جرم کلاهبرداری کسب سود توسط کلاهبردار یا فرد مورد نظر او مورد توجه می باشد اما در جرم خیانت در امانت، ضرر وارد کردن به دیگری برای ارتکاب جرم کفایت می کند. در حالتی که امین مال را به عمد تلف کند نیز، مرتکب جرم شده است.

تفاوت کلاهبرداری و خیانت در امانت در وقوع زمان آنها نیز قابل بررسی خواهد بود. در تفاوت زمان وقوع می توان گفت که در جرم کلاهبرداری، به محض دریافت مال جرم محقق می شود اما در جرم خیانت در امانت اعمالی مانند تصاحب و تلف و.. باید انجام گیرد تا جرم انجام شود. به سبب وجود همین تفاوت است که کلاهبرداری به عنوان جرم آنی شناخته می شود. در نهایت می توان گفت که آخرین تفاوت کلاهبرداری و خیانت در امانت، مرکب بودن کلاهبرداری و مقید بودن خیانت در امانت می باشد. به عبارت دیگر خیانت در امانت مقید به حصول نتیجه خواهد بود اما برای تحقق کلاهبرداری وجود تمام عناصر الزامی خواهد بود.