در مبحث پنجم از بخش دوم قانون مجازات اسلامی که به بحث توبه پرداخته است، قانونگذار مواردی را احصا کرده که این امکان را به متهم و مجرم می‌دهد تا در جرایم حدود و حتی تعزیرات، از فرصت توبه استفاده کند و ساز و کار این مبحث فقهی را در مواد قانونی پیش‌بینی کرده است.
همچنین قانونگذار در ماده ۱۳ قانون آیین دادرسی کیفری مصوب سال ۱۳۹۲، توبه را یکی از موارد هفت‌گانه موقوفی تعقیب در مرحله تعیقب کیفری قرار داده است. بدین معنا که در مرحله تعقیب، دادسرا که در رأس آن دادستان است، می‌تواند با احراز شرایط قانونی توبه متهم را پذیرفته و قرار موقوفی تعقیب صادر کند.
هرچند این اختیار خلاف اصل و یک استثنا است و با علم به اینکه رفتار دادستان‌ها محتاطانه خواهد بود، این اختیار به دادستان تفویض شده است همچنین توبه متهم در موارد پیش‌بینی‌شده در قانون موجب صدور قرار موقوفی تعقیب خواهد بود.
در جرایم موجب حد به استثنای قذف و محاربه، قانونگذار توبه را پذیرفته، اما برای آن شرایطی را نیز قرار داده است. مانند اینکه اصلاح و ندامت متهم باید احراز شده و چنانچه ثابت شود مرتکب تظاهر به توبه کرده است، سقوط مجازات یا تخفیف درنظر‌گرفته‌شده، ملغی‌الاثر خواهد شد و مجازات اجرا می‌شود.
همچنین دیه، قصاص، حد قذف و محاربه با توبه ساقط نمی‌شود و مقررات راجع به توبه شامل کسانی که مقررات تکرار جرم تعزیری در مورد آن‌ها اعمال می‌شود، نخواهد شد و توبه در جرایم تعزیری صرفاً شامل درجات ۶، ۷ و ۸ می‌شود.
