قرار موقوفی تعقیب از جمله قرارهای قابل اعتراض محسوب می‌گردد. مهلت اعتراض به این قرار در صورتی که توسط دادسرا صادر شده باشد و صورتی که توسط دادگاه صادر شده باشد متفاوت می‌باشد. در صورت صدور این قرار توسط دادسرا، اشخاص مقیم ایران ده روز و افراد مقیم خارج از ایران یک ماه از تاریخ ابلاغ قرار، مهلت اعتراض نسبت به آن را خواهند داشت. در حالتی که این قرار توسط دادگاه صادر شده باشد، مهلت اعتراض برای اشخاص مقیم ایران بیست روز و برای اشخاص مقیم خارج از ایران دو ماه از تاریخ ابلاغ می‌باشد.

مرجع صالح جهت اعتراض به قرار موقوفی تعقیب نیز در هر یک از این شرایط متفاوت می‌باشد. در صورت صدور این قرار توسط دادسرا، اعتراض نسبت به آن بایستی در دادگاهی انجام شود که صلاحیت رسیدگی به پرونده را داشته است. اعتراض به قرار موقوفی تعقیب در صورت صدور توسط دادگاه نیز در مهلت مشخص نزد دادگاه تجدیدنظر بایستی انجام شود.