قرار موقوفی تعقیب و قرار منع تعقیب در بسیاری از موارد مشابه یکدیگر فرض می‌شوند، زیرا هر دو موجب مختومه اعلام شدن پرونده می‌شوند. این در حالی است که هر یک از این قرارها ماهیتی متفاوت دارد و نبایستی مشابه یکدیگر فرض شوند. قرار موقوفی تعقیب در مواردی صادر می‌شود که دادرس علم به مجرم بودن فرد متهم دارد، اما حصول برخی از شرایط که بیان شد موجب می‌گردد تا این قرار صادر شده و پرونده مختومه گردد. اما قرار منع تعقیب در شرایطی صادر می‌شود که یا عمل ارتکابی فرد متهم جرم نبوده و یا ادله‌ای جهت انتساب جرم به وی وجود نداشته باشد.

علاوه بر این، مرجع صادرکننده این قرارها نیز متفاوت می‌باشد. قرار موقوفی تعقیب حسب مورد توسط دادگاه یا دادسرا صادر می‌گردد. در حالی که قرار منع تعقیب تنها توسط دادسرا صادر می‌شود.