در مرحله اجرا جبران خسارت بر عهده دولت بوده و وزیر دادگستری مسوول اجرای رای کمسیون است. وزیر دادگستری خسارت را از صندوقی که در وزارت دادگستری تاسیس می شود و بودجه آن هر سال از محل بودجه کل کشو تامین می گردد، پرداخت خواهد نمود (مواد ۲۵۹ و ۲۶۰ ق.آ.د.ک).