قرار موقوفی تعقیب از جمله قرارهایی است که ممکن است توسط دادسرا و یا دادگاه صادر گردد. بسته به اینکه موارد صدور قرار موقوفی تعقیب که پیش‌تر به صورت کامل ذکر شد، در کدام یک از مراحل رسیدگی و تعقیب اتفاق بیافتد، این قرار توسط دادسرا یا دادگاه صادر می‌گردد. چنانچه موارد صدور این قرار در مرحله تحقیقات مقدماتی اتفاق بیافتد، دادسرا اقدام به صدور قرار موقوفی تعقیب می‌نماید و اگر این موارد در فرایند دادرسی حاصل شوند، دادگاه کیفری قرار موقوفی تعقیب را صادر می‌نماید.