پس از صدور رأی مبنی بر محکومیت متهم به اجرای مجازات شلاق، در صورتی که متهم در زندان باشد و یا اینکه آزاد باشد، مجازات شلاق اجرا می گردد.
الف) اجرای شلاق نسبت به محکوم علیه زندانی
در صورتی که محکوم علیه (مجرم) در زندان باشد، اگر در رأی صادره محل مشخصی برای اجرای شلاق قید شده باشد، اجرای مجازات در همان محل انجام می گیرد اما اگر مشخص نشده باشد، طی نامه ای به زندان اعلام می شود که مجازات شلاق اجرا گردد و بعد از اجرای آن اگر بعلت دیگری در بازداشت نباشد، آزاد شود.
نحوه اجرای مجازات شلاق در زندان به اینصورت است که با توجه به اینکه زندان صرفاً وظیفه نگهداری از محکومین را دارد و اجرای شلاق با مرجع انتظامی است، به همین دلیل رویه به این شکل می باشد که:
کلیه نامه های اجرای مجازات شلاق که تا پایان وقت اداری به زندان واصل می شود، جمع آوری گردیده و در پایان وقت اداری، مامور اجرای شلاق نیروی انتظامی در زندان حاضر می شود و نماینده ای نیز از اجرای احکام به دلیل نظارت بر حسن اجرای حکم در محل زندان حاضر می گردد.
در ابتدا نماینده اجرای احکام قبل از اجرای حکم، صورتجلسه عدم وجود موانع اجرای حکم را تنظیم نموده و به امضا و اثر انگشت مجرم می رساند و اگر مانعی برای اجرای حکم وجود نداشته باشد، مامور اجرا، مجازات شلاق را اجرا می کند. سپس مراتب اجرای حکم صورتجلسه شده و به امضای محکوم علیه، نماینده اجرای احکام و مامور اجرا می رسد.
بعد از اجرای حکم شلاق، نسخه ای از صورتجلسه در اجرای احکام زندان مانده و نسخه دیگر به اجرای احکام دادگاه ارسال می شود و قاضی اجرا بعد از اطمینان از اجرای حکم، دستور مختومه شدن پرونده و کسر از آمار را می دهد. اما اگر محکوم علیه (مجرم) در زندان اعلام کند که مانعی جهت اجرای شلاق وجود دارد، نماینده اجرا مراتب را صورتجلسه می نماید و به قاضی اجرا اعلام میدارد و قاضی اجرا در صورت احراز وجود مانع، اجرای حکم را تا رفع مانع به تعویق می اندازد.
ب) اجرای شلاق نسبت به محکوم علیه آزاد
در این شرایط محکوم علیه احضار می شود و بعد از حضور یا جلب او، ابتدا صورتجلسه ای تنظیم و احراز هویت انجام می گیرد و بعد صورت جلسه دیگری در صورت عدم وجود موانع اجرای حکم تنظیم و اگر مانعی وجود نداشته باشد، محکوم علیه به مرجع انتظامی معرفی می شود تا حکم اجرا شود.