مرجع صالح برای رسیدگی بدوی به اعتراضات بر تشخیص ملی بودن، در ابتدا هیئت ۷ نفره ای بود موسوم به “هیئت ماده واحده قانون تعیین تکلیف اراضی اختلافی موضوع اجرای ماده ۵۶ قانون جنگل ها و مراتع مصوب ۱۳۶۷” که به موجب آن قانونی تحت همین عنوان تشکیل شد که تا مدتی نزدیک یک سال صلاحیت رسیدگی داشت.
اما پس از لازم الاجرا شدن قانون افزایش بهره وری بخش کشاورزی و منابع طبیعی در سال ۱۳۸۹ و مطابق تبصره یک ماده ۹ قانون مزبور، رسیدگی به اعتراضات در صلاحیت شعب ویژه ای که از سوی رئیس قوه قضاییه ایجاد می شود قرار گرفت.
