به موجب ماده 13 قانون آیین دادرسی کیفری در هفت مورد به شرح زیر مرجع رسیدگی‌کننده موظف به صدور قرار موقوفی تعقیب می‌باشد:
1. فوت متهم یا محکوم‌علیه
طبیعتاً با فوت متهم یا محکوم‌علیه دیگر امکان رسیدگی به پرونده وجود نخواهد داشت. به همین دلیل، دادسرا یا دادگاه با صدور قرار موقوفی تعقیب در چنین مواردی پرونده را مختومه اعلام می‌نماید.
در صورت فوت محکوم‌علیه پس از صدور حکم قطعی نیز مجازات قابلیت اجرا نخواهد داشت. از این رو، قرار موقوفی اجرا صادر می‌گردد. تنها پرداخت دیه پس از فوت محکوم‌علیه ممکن می‌باشد. بدین صورت که مبلغ دیه از ماترک متوفی کسر شده و به مجنی‌علیه یا ولی دم پرداخت می‌گردد.
2. گذشت شاکی یا مدعی خصوصی در جرایم قابل گذشت
به طور کلی، جرایم بر دو نوع قابل گذشت و غیرقابل گذشت تقسیم می‌شوند. جرایم قابل گذشت در قانون مجازات اسلامی احصاء شده‌اند. در هر یک از این جرایم قابل گذشت مثل جرایم تعزیری، حد قذف و غیره در صورتی که شاکی یا مدعی خصوصی گذشت خود را اعلام نماید، مرجع قضایی اقدام به صدور قرار موقوفی تعقیب می‌نماید.
3. شمول عفو
عفو عمومی تعقیب و دادرسی را در جرایم موجب تعزیر متوقف می‌نماید. بنابراین عفو عمومی تنها در جرایم تعزیری قابل تصور می‌باشد. در صورتی که متهم یا محکوم‌علیه تحت شمول عفو عمومی قرار گیرد، پرونده کیفری مختومه شده و مرجع رسیدگی‌کننده به آن اقدام به صدور قرار موقوفی تعقیب می‌نماید.
4. نسخ مجازات قانونی
در جریان تصویب قوانین ممکن است قانونی صادر شود که قانون پیشین را نسخ کرده و کنار بگذارد. در این راستا ممکن است مجازاتی که برای جرم ارتکابی در نظر گرفته شده به صورت کلی نسخ شده یا تخفیف یابد. در صورت نسخ مجازات قانونی در جریان دادرسی، قرار موقوفی تعقیب و در صورت نسخ مجازات قانونی پس از صدور حکم قطعی و قبل از اجرا، قرار موقوفی اجرا صادر می‌گردد.
5. شمول مرور زمان در موارد پیش‌بینی شده در قانون
مرور زمان عبارت از این است که با گذشت مدت زمان مشخصی که قانونگذار تعیین نموده است، تعقیب و پیگیری پرونده متوقف شده و از این رو قرار موقوفی تعقیب صادر می‌گردد. در نظام حقوق کیفری کشور ما، مرور زمان به سه دسته مرور زمان شکایت، مرور زمان تعقیب و مرور زمان اجرای حکم تقسیم می‌گردد که هر یک مدت زمان خاصی را شامل شده و پس از گذشت آن مدت مرجع رسیدگی‌کننده اقدام به صدور قرار موقوفی تعقیب می‌نماید.
6. توبه متهم در موارد پیش‌بینی شده در قانون
قانون مجازات اسلامی در خصوص جرایم تعزیری درجه شش تا هشت مقرر داشته است که توبه متهم موجب اسقاط مجازات و صدور قرار موقوفی تعقیب گردد. در خصوص جرایم تعزیری درجه یک تا پنج توبه موجب از بین رفتن مجازات نمی‌شود، اما موجبات تخفیف در مجازات را فراهم می‌آورد. در جرایم مستوجب حد نیز جز در حد قذف و حد محاربه، توبه متهم قبل از اثبات جرم موجب سقوط حد و صدور قرار موقوفی تعقیب می‌گردد. شایان ذکر است که توبه متهم در جرایم مستوجب دیه، قصاص و حد قذف و حد محاربه تأثیری در سقوط مجازات نخواهد داشت.
7. اعتبار امر مختوم
چنانچه یک دعوای کیفری در دادگاه مطرح شده و مورد رسیدگی قرار گرفته باشد و نهایتا در خصوص آن دعوا یک حکم قطعی و نهایی صادر شده باشد، آن پرونده اعتبار امر مختوم را کسب می‌نماید. کسب اعتبار امر مختوم موجب می‌گردد تا در صورت طرح مجدد همان دعوای کیفری در مراجع قضایی، آن مرجع اقدام به صدور قرار موقوفی تعقیب نماید، چرا که امکان رسیدگی به یک دعوا برای دو یا چند بار وجود ندارد.
